La nueva variante Ómicron

Los VIRUS sufren cambios evolutivos al igual que los seres vivos, se dice que los genomas virales están sujetos a la mutación con la misma frecuencia común a todos los ácidos nucleicos, y cuando las condiciones favorecen a un mutante en particular, éste es seleccionado, dando origen a una nueva cepa que paulatinamente substituye a la anterior.

El 26 de noviembre de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) reportó un aumento del 311 por ciento de nuevos casos de COVID-19 en Sudáfrica que, junto con Botsuana, acumulan 62% de los casos de la nueva variante B.1.1.529, clasificada como una variante de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés), a la cual se le ha designado el nombre de Ómicron.

En las últimas semanas, se ha comentado sobre el daño que podría causar esta variante, por lo que algunos países decidieron cerrar sus fronteras como Estados Unidos o la Unión Europea principalmente con la nación sudafricana a consecuencia, las bolsas de valores del mundo cayeron nuevamente. Pero y ¿que podría generar esta nueva variante?

Los resultados del primer caso confirmado fue de una muestra recolectada el 9 de noviembre de 2021. De acuerdo con el análisis de secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en Inglés), disponible en la base de datos GISAID, con 142 secuencias de SARS-CoV-2, que indican que la variante Ómicron pertenece al linaje Pango B.1.1.529, Clado Nextrain 21K, Clado GISAID GR/484A, y presenta al menos 50 mutaciones diferentes, la mayoría de ellas se encuentran en la proteína S (26-32), hoy sabemos que esta se une a los receptores de nuestras células y  permite el acceso al interior de las células para que el virus comience a multiplicarse. Estas mutaciones pueden conferir un alto potencial de escape inmunológico y posiblemente ventaja en la transmisibilidad, lo que la hace más potente y peligrosa que la variante Delta, con alta probabilidad de propagación a nivel mundial. La evidencia sugiere que puede existir un mayor riesgo de reinfección con la nueva VOC.

Los diagnósticos por RT-PCR actuales de SARS-CoV-2 pueden detectar la variante Ómicron. Los laboratorios han referido que una prueba ampliamente utilizada como lo es TaqPath ThermoFisher, que detecta tres genes diana: N, S, ORF1ab, ocurre un fallo en la amplificación del gen S, también llamado abandono del gen S, debido a la deleción en la posición Spike (69-70), lo mismo ocurre en la variante Alfa y, por lo tanto, se puede utilizar como marcador para esta variante, sin embargo, requiere de una confirmación por secuenciación. Para países sin acceso a pruebas de diagnóstico con el gen S, vigilancia y secuenciación es lo más recomendable para caracterizar las variantes circulantes del SARS-CoV-2. Usando este enfoque, se ha detectado una tasa de crecimiento acelerado en la infección, lo que sugiere que la variante Ómicron puede tener una ventaja de crecimiento en comparación a otras VOC.

En nuestro laboratorio de Biología Molecular, conscientes de la importancia del diagnóstico de COVID-19 utilizamos el kit TaqPath ThermoFisher como parte de nuestra selección de kits para el diagnóstico de COVID-19, mismos que fueron validados, calificados y aprobados por el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológica (InDRE), de acuerdo a su listado de Kits para el diagnóstico de SARS-CoV-2 para la contingencia COVID-19 en México. (Listado de pruebas moleculares útiles para el diagnóstico de SARS-CoV-2 (www.gob.mx)).

Aun se están realizando estudios para evaluar si algunas pruebas de diagnóstico rápido basadas en antígenos del SARS-CoV-2 (Ag), pudieran verse afectadas. Un primer análisis de las mutaciones en la en la nucleocápside (gen N) de la variante Ómicron (B.1.1.529) sugiere hasta hoy que no se afecta la detección de antígenos, sin embargo, deberán usarse estas pruebas apoyándose del RT-PCR y nunca descartar una prueba negativa con sólo prueba rápida cuando se sospeche de la variante Ómicron.

Existe una incertidumbre sustancial con respecto a la transmisibilidad de Ómicron, el potencial de escape inmune (ya sea de inmunidad inducida por infección o vacuna), presentación clínica, gravedad de la enfermedad, por lo que la OMS ha recomendado lo siguiente:

Es fundamental que todas las pruebas de SARS-CoV-2 estén vinculadas a acciones de salud pública para garantizar una atención clínica adecuada y soporte, así como realizar rastreo de contactos para romper cadenas de transmisión.

Actualmente se han estado desarrollando nuevos ensayos “Mutation Panel “, que permiten identificar el siguiente perfil de mutaciones para la variante Ómicron: Del69/70, P681H, K417N, T478K, N501Y. La mutación K417N, esta en B.1.351 y vinculada a la variante Delta, las mutaciones S477N y Q4985 aumentan sustancialmente la unión de ACE2 junto con N501Y, pero solo se ven en la naturaleza por separado o raramente, lo que es una señal de alarma. Ver imagen 1 sitios de mutaciones proteína S (spike).

Imagen 1.  Comparación de sitios de mutación en la proteína S del SARS-coV-2 de la variante Delta B1.1617.2 con respecto a la Variante Ómicron B.1.1.529.

Esta combinación tan particular de mutaciones hace que la variante Ómicron sea la más divergente que se ha detectado en números significativos durante la actual pandemia, que suscita serias preocupaciones de que pueda estar asociada con una reducción significativa en la inmunización asociada a la vacuna, así como en su eficacia, aunado a un mayor riesgo de reinfecciones. Varios de los cambios en la secuencia que codifica la proteína S se han descrito anteriormente y se asocian con mayor transmisibilidad y escape inmunológico. Una variante sintética descrita previamente con 20 mutaciones en la proteína S se asoció con escape completo en sueros de individuos convalecientes y vacunados. Como Ómicron porta aún más mutaciones en el gen S en comparación con esta variante, se espera un efecto muy significativo sobre la neutralización.

Bibliografía

1. • Clasificación de Omicron (B.1.1.529): Variante preocupante del SARS-CoV-2 (who.int)
2. • WHO: Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern •
3. • CDC: New SARS-CoV-2 Variant of Concern Identified: Omicron (B.1.1.529) Variant
4. • ECDC: Implications of the emergence and spread of theSARS-CoV-2 B.1.1. 529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA  
5. • African CDC: Africa Centres for Disease Control and Prevention’s Statement regarding the new SARSCOV-2 virus variant B.1.1.529.
6. • Press Release: Thermo Fisher Scientific ConfirmsDetection of SARS-CoV-2 in Samples Containing theOmicron Variant with its TaqPath COVID-19 Tests.